Если стяжка оказалась неровной и с перепадами. Как это исправить?

Вариант первый
Залить новый слой самовыравнивающейся смеси. Однако дополнительный подъём высоты может упереться в батареи отопления или нарушить общую плоскость пола.

Вариант второй
С помощью уровня обозначить мелом наплывы. Далее шлифовальным инструментом с крупнозернистой насадкой сточить всё лишнее.