Я приобретаю часть дома, то есть, долю в нем, где зарегистрированы родственника продающего. Можно ли делать пометку в договоре, что они не снимаются с регистрационного учета, но не имеют права там жить и пользоваться имуществом?

Да, но нужно, чтобы эти права были грамотно описаны в ДКП.