У меня есть дом, в котором прописаны моя родная сестра и племянник. Парню 19 лет и он воспитывался в детском доме, а сестра не выходит на связь уже давно, но не является пропавшей без вести. Как их выписать?

Снять с регистрационного учета их можно в судебном порядке, подавайте иск, вы собственник.