Есть ли права у надзорного органа требовать устранения комнаты для курения в ТЦ, если созданы все условия в изолированном помещении? Никаких отклонений от нормы нет, все сделано в рамках законодательства.

Точно ответить невозможно, так как нужно видеть полученное предписание. У вас есть право оспорить его в судебном порядке.