В связи с окончанием действия контракта пришел приказ о моем увольнении, но сейчас я прохожу лечение в больнице. Могут ли за меня сдать дела в мое отсутствие, потеряю ли я от этого в зарплате?

Сдача дел не может происходить без заинтересованного лица, то есть вас. Потому никаких вычетов по заработной плате за это не предусмотрено.