Я владею двумя комнатами в коммуналке, в которых прописано 2 человека. Но при этом долей в ордере 3, комнаты ранее были приватизированы. Хотела выставить одну на продажу, как это сделать?

Обычно сделать, приватизация подразумевает наличие собственника. В свидетельстве о праве указан владелец объекта, который может продать или провести иные действия со своей собственностью. Ордер в данном случае не причем.