Я второй собственник квартиры, имею равную по объему долю с иным владельцем. Мы уже составили ДКП и отдали его на регистрацию. Но, при осмотре бумаг я отметил, что реквизиты для перевода средств указаны лишь одни. Не выйдет ли так, что я останусь без своей доли?

Нет, вы имеете право, даже, если вас обделят, подать в суд. И уже через него взыскать свои деньги.